Modeller es un simulador (modelador) por homología para estructuras proteínicas (más tarde detalles). Aquí les dejo lo que he hecho para instalarlo:
1)Descargar el paquete rpm para 32bits desde http://www.salilab.org/modeller/download_installation.html .
2) Instalar el paquete (como root):
rpm -Uvh modeller-9v8-1.i386.rpm
3)Luego me doy cuenta de que necesito una licencia (es software académico: ni libre libre ni privativo privativo). Y la solicito llenando el formulario: http://www.salilab.org/modeller/registration.html
La verdad es que de haber solicitado antes la licencia, me hubiese ahorrado el resto de los pasos…
4) Una vez obtenida la licencia, cambiar la variable ‘license’ en el archivo /usr/lib/modeller9v8/modlib/modeller/config.py
vi /usr/lib/modeller9v8/modlib/config.py
5) Como trabajaré con los ejemplos de modeller, copiar los ejemplos a una ruta en mi hogar, y así mi usuario pueda utilizarlos:
cp -a /usr/lib/modeller9v8/examples/ /home/lulu/Documents/
chown -R lulu.lulu /home/lulu/Documents/examples
5) Intentar correr: mdv9v8 model-default.py (está en examples/automodel/)
~]$ mod9v8 model-default.py
Could not find platform independent libraries
Could not find platform dependent libraries
Consider setting $PYTHONHOME to [:]
'import site' failed; use -v for traceback
FATAL ERROR: Cannot open file model-default.py: No such file or directory
¿A qué se debe esto?
Modeller funciona con Python 2.3 hasta Python 2.6. Yo tengo instalado Python 2.7. El que tenga una de estas versiones puede saltarse la parte de la instalación de Python 2.3:
-Descargo el tar.gz: http://www.python.org/ftp/python/2.3/Python-2.3.tgz
-Lo desempaqueto: tar -zxvf Python-2.3.tgz
-Corremos el archivo ./configure … OJO: debemos tener instalado gcc-c++
…y termina así:
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile.pre
config.status: creating Modules/Setup.config
config.status: creating pyconfig.h
creating Setup
creating Setup.local
creating Makefile
-Ya que tengo mi makefile, ¡a compilar!: corro el comando “make”.
-Ahora a instalar: ejecuto “make install”.
5) Volver a intentar:
mod9v8 model-default.py
Toma un tiempito…. y podemos revisar los resultados en model-default.log
vi model-default.log
Para más información: http://salilab.org/modeller/about_modeller.html
